长沙爱尔眼科医院角膜与眼表病专科是湖南省重点学科，于2014年获得湖南省眼表疾病临床医学研究中心资质。科室拥有由4名主任医师、1名副主任医师和3名主治医师组成的专业医疗团队。其中，博士生导师2名，博士1名，硕士5名。
科室较早在湖南省内开展飞秒激光辅助的角膜移植术，包括角膜内皮移植术、深板层角膜移植术和穿透性角膜移植术等。每年开展各类型角膜移植手术150余台，角膜胶原交联术、羊膜覆盖术、原发及复发翼状胬肉手术等各类眼表手术1000余台，手术量居湖南省内前列。
科室主管的长沙爱尔眼库，是湖南省可接受角膜捐献的眼库，在省内13个地级市设有接收站，目前已为2000多名患者带来光明。
科室较早在湖南省内开展干眼诊疗门诊，较早引进眼表综合分析仪、LIPIVIEW和共焦显微镜等干眼检查设备，根据患者干眼的类型和严重程度设计个性化的治疗方案，包括LIPIFLOW热脉动治疗、强脉冲光治疗、深度睑缘清洁以及普通睑板腺理疗等，并为患者设计个性化的家庭护理，包括热敷、冷敷、除螨以及睑缘清洁等。
科室团队在国内外学术期刊发表论文50余篇，参编专著10余部，曾获湖南省科技厅优秀科普作品奖。
2016年3月，由爱尔眼科医院、湖南爱眼公益基金会共同发起的“你是我的眼”角膜移植中国行公益救助项目正式启动。科室承办此项目以来，截止2022年12月，已成功救助200余名贫困角膜盲症患者，通过实施公益角膜移植手术重见光明。
